Vacuola apareix com a forma única tant al DCVB com al DECat (s.v. vacu, nota 1). Al CTILC, de vacúol només apareixen un parell de cites de la dècada del 1970 (d'en Jaume Terradas, ecòleg, 1971, i de l'Oriol de Bolòs, geobotànic, del 1976, és a dir que tot i ser científics no són especialistes en medicina, histologia ni fisiologia vegetal); de vacuola, en canvi, n'hi ha d'en Salvador Maluquer (1936) o d'en Josep Trueta (1938).
Spallanzani va descobrir vacuoles de protozous c. 1776, i les vacuoles vegetals van ser descobriment de Schleiden c. 1842. A l'enciclopèdia Espasa-Calpe (dècades 1920 i 1930) hi ha vacuola (forma única en cast.). En anglès vacuole, en francès també vacuole (femení), en portuguès i gallec vacúolo, en romanès vacuolâ.
La pronúncia vacúol és anòmala i forçada en català (és l'únic mot del dicc. acabat en -uol, i com a mot pla no pot rimar ni tan sols amb l'agut alcohol), mentre que vacuola és fonèticament normal, i analògic amb molts termes acabats en -ola, tant populars (bestiola, cassola, escaiola, fullola i un llarg etcètera) com tècnics (arteriola, virus de l'Ebola, variola).
A tall d'anècdota. A la Wikipedia Latina hi diu: "Vacuolum (-i, n.) sive vacuola est organellum membrana inclusum quod in omnibus cellulis Fungorum Plantarumque et in plurimis cellulis protistarum [...]" Vaja, que en llatí (que és d'on procedeix el nostre cultisme) s'admeten totes dues formes. Estaria bé no voler ser més papista que el Papa i també admetre-les en català l'una al costat de l'altra (i ens estalviaríem una pronúncia impossible)
V. alveol, on incloc uns quants altres casos anàlegs.